Cuenta de Usuario

Tanto para realizar PEDIDOS como para recoger RESULTADOS necesitará disponer de una “Cuenta de Usuario” y de su “Contraseña”. La Cuenta de Usuario es de uso personal y contiene datos de contacto y de facturación.

Puede obtener su Cuenta de Usuario pulsando en el botón siguiente:

Registro
Acceso Usuarios
Resultados

Formulario de solicitud

• El pedido se realiza cubriendo el formulario de solicitud, imprimiendo la confirmación de formulario enviado y remitiendo éste junto a las muestras por correo o por el medio elegido.
• En el formulario, cada fila numerada de 1 a 10 hace referencia a una reacción única de secuenciación, es decir a una combinación de muestra e iniciador. Si se desean utilizar distintos iniciadores para un mismo molde se deberán ocupar tantas filas como iniciadores.
• Para un número de reacciones superior a 10 habrá de rellenar, y enviar, más de un formulario.
• Para evitar truncamientos, los nombres de muestra e iniciador no pueden sobrepasar los 10 caracteres en total. Los iniciadores genéricos utilizados en este Servicio no superan los cinco caracteres.
• Evitar en los nombres el uso de espacios en blanco y de caracteres no alfanuméricos. Además de letras y números los únicos caracteres permitidos son -_(){}#.+
• Una vez enviado por internet el formulario se ha de obtener una copia impresa del mismo, para adjuntar al envío de las muestras (véase apartado siguiente).

Envío de muestras

• Las muestras para secuenciación se remitirán disueltas a la concentración requerida (véase “Cantidad de muestra purificada” en el apartado “Secuenciación de DNA”), en tubos tipo eppendorf estériles de 1,5 ml, rotulados en la pared lateral y en la tapa y bien cerrados (evitar el uso de Parafilm).
• Para evitar pérdidas o roturas los tubos han de enviarse en sobres acolchados (evitar el uso de Parafilm).
• Normalmente (1-3 días) no es necesario un envío refrigerado.
• La dirección de envío es la siguiente:
• Servicio de Secuenciación; CNIO; Melchor Fernández Almagro 3; 28029 Madrid.
• Las muestras deberán acompañarse con una copia impresa del formulario de pedido cumplimentado.
• Las muestras sobrantes se conservan durante un plazo de 1 mes, a disposición de su propietario, desde la fecha de recepción.

Recepción de resultados

• El usuario recibirá por correo-e una notificación de que tiene sus resultados disponibles. Estas notificaciones contienen un enlace exclusivo para acceder a los resultados depositados en un servidor FTP del CNIO.
• Los resultados se entregan como archivos comprimidos en formato ZIP, que el usuario deberá transferir a su propio ordenador.
• Los archivos ZIP se borran del servidor FTP a los 15 días de haberse enviado su notificación.
• Los archivos ZIP pueden descomprimirse mediante aplicaciones del tipo WinZip, 7-Zip o Stuffit Expander.
• Al descomprimir aparecen dos tipos de archivo de resultados por cada secuencia. El archivo con extensión SEQ tiene formato de texto simple y puede abrirse con cualquier “cuaderno de notas” o procesador de textos. El archivo con extensión AB1 contiene el electroforegrama, y los datos brutos y metadatos.
• Se recomienda examinar el electroforegrama para valorar o resolver las ambigüedades que puedan reflejarse en la secuencia del archivo de sólo texto.
• Los archivos en formato AB1 pueden abrirse con diversos programas comerciales de análisis y representación de secuencias, así como con programas gratuitos como los siguientes:
  • FinchTV (PC o Mac)
  • 4Peaks (Mac)
  • Chromas (PC and iOS)

Información Adicional

Secuencias fallidas

Los procedimientos empleados se han diseñado para minimizar la variabilidad y la frecuencia de secuencias fallidas.

No obstante pueden darse fallos debidos a las características de las muestras (molde y/o iniciadores) y a error operativo (funcionamiento interno del servicio).

Las secuencias fallidas se facturan cuando se valora que el error se debe a características de la muestra, y se repiten en caso contrario (véase ” Repeticiones” más abajo).

Causas de error

Las causas de error más habituales que se asocian al material de partida son las siguientes:

• La cepa bacteriana donde se propaga el molde –en vector de clonación- puede afectar a su calidad. Se obtienen resultados fiables con DH1, DH5alpha, DH10B o XL1-blue; MV1190 y HB101 se asocian con resultados variables, y JM101 no es recomendable.
• Cantidad insuficiente de DNA molde. Las cuantificaciones por electroforesis de muestras sobrecargadas no son precisas. Una cuantificación fiable requiere limitar la carga de DNA a 10-50 ng/pocillo, para lo que puede ser necesario emplear diluciones, y comparación con marcadores de masa conocida separados en el mismo gel.
• Calidad o purificación insuficiente del molde. Aunque para su preparación se hayan usado kits comerciales pueden permanecer impurezas que interfieran con la secuenciación.
• Para productos de PCR las impurezas más habituales son los fragmentos artefactuales (ej. “primer dimers”) que copurifican con el molde y que contienen sitios de unión para los iniciadores de secuenciación.
• Problemas diversos con el iniciador específico de inserto: la muestra contiene distintos sitios de unión, no se une al molde, cantidad insuficiente (verificar concentración de la disolución de trabajo por espectrofotometría), diseño subóptimo.

Repeticiones

Las muestras fallidas se repetirán por propia iniciativa cuando el servicio las detecte y reconozca como probable que se trate de un error operativo. Las tasas de error son muy bajas, con lo que si la repetición vuelve a fallar se asumirá que el error no se debía a errores operativos.

Las muestras fallidas también podrán repetirse a demanda del usuario.

Comunicación de anomalías

Se invita a que los usuarios comuniquen cualquier observación sobre anomalías o incidencias (por correo-e a secuencia@cnio.es, otros datos de contacto en la Página Principal).