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La excelencia y competitividad científica del CNIO es también reconocida por entidades de investigación fuera de nuestras fronteras y muestra de ello son los numerosos proyectos financiados a través de procesos abiertos competitivos por instituciones y organismos públicos como el Instituto Nacional de Salud (National Institute of Health, NIH) o el Departamento de Defensa (Department of Defense (DoD) de los Estados Unidos.
También es muy relevante la financiación recibida de fundaciones y asociaciones promovidas por pacientesy y profesionales médicos, que han seleccionado muchas de nuestras líneas de investigación para invertir los fondos procedentes de sus donantes. Ejemplos de estas entidades con relevancia internacional como son la Worldwide Cancer Research (WCR,), el Howard Hughes Medical Institute (HHMI), la Prostate Cancer Foundation (PCF), la Fundación Paradifference o la Alianza para la Investigación del Melanoma (Melanoma Research Alliance o MRA).

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