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La base de datos ‘FireDB’ recoge el mapa de interacciones de 1.300 compuestos con propiedades farmacológicas
El catálogo servirá de marco de referencia para la farmacología molecular moderna y para el estudio de las consecuencias de las mutaciones en cáncer
Las estructuras tridimensionales de las proteínas determinan cómo, cuándo y dónde éstas se unen a los fármacos u otros compuestos. Solo en 2012 se resolvieron miles de estructuras de este calibre. Ahora, esta masa de información necesita ser traducida a un contexto biológico, que sirva para extraer la relevancia funcional de estas interacciones, así como sus consecuencias farmacológicas y en el desarrollo de enfermedades.
Un trabajo del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), liderado por Alfonso Valencia, vicedirector de Investigación Básica, y Michael L. Tress, investigador de su equipo, recoge en el último número de la revista Nucleid Acids Research la mayor colección de interacciones entre moléculas farmacológicas, incluidos otros compuestos biológicos, y las proteínas.
En total, el catálogo incluye 16.600 compuestos, de los cuales 1.300 presentan descripciones farmacológicas, y recoge hasta 500.000 sitios de unión que atestiguan la extensa red social que rige el funcionamiento de los organismos. La información está disponible para toda la comunidad científica en la base de datos pública FireDB (http://firedb.bioinfo.cnio.es).
Los autores del trabajo, entre ellos Paolo Maietta, primer firmante del artículo e investigador del grupo de Valencia, señalan que “la creación de FireDB constituye un marco de referencia en el estudio de mutaciones asociadas al cáncer y sus consecuencias biológicas”. Según los investigadores, FireDB permitirá distinguir las mutaciones que afectan a las interacciones entre moléculas relacionadas con cáncer y sus efectos en el funcionamiento de la maquinaria celular.
“Esta colección de interacciones concentra por primera vez en una sola base de datos información biológica que será clave para comprender las bases moleculares de la acción terapéutica de los fármacos, sus posibles efectos adversos o la creación y desarrollo de nuevos agentes terapéuticos”, añade Valencia.
El trabajo ha sido financiado por El Ministerio de Economía y Competitividad y la Unión Europea.
Imagen en 3D del sitio de unión de un fármaco anticáncer (en verde) a su proteína diana en humanos. /CNIO
Artículo de referencia
FireDB: a compendium of biological and pharmacologically relevant ligands. Paolo Maietta, Gonzalo Lopez, Angel Carro, Benjamin J. Pingilley, Leticia G. Leon, Alfonso Valencia, Michael L. Tress. Nucleic Acids Research (2013). doi: 10.1093/nar/gkt1127