Según el artículo 6o de los Estatutos de la Fundación del Sector Público Estatal Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Carlos III (F.S.P. CNIO) los órganos que gobiernan y gestionan la fundación son los siguientes:

• Órganos de gobierno. La Fundación está regida por un Patronato, órgano de gobierno compuesto por un Presidente de Honor, Presidente, Vicepresidente, vocales natos y electivos. El Patronato funcionará en Pleno y en Comisión Delegada.
• Órgano de apoyo y asesoramiento científico: El Comité Científico Asesor externo compuesto de científicos de especial relevancia internacional en el campo de la investigación oncológica
• Órganos de dirección y gestión: el/la Director(a) de CNIO y el/la Gerente.