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Otros Programas (Fundaciones privadas, etc.)

Ayudas a Equipos de Investigación Científica

  • Titulo: Precision Medicine from Big Data to Cognitive Computing
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Valencia Herrera, Alfonso
  • Resumen

    Precision Medicine is considered the cornerstone of future medicine. In particular, the combination of genomic information and patient information is the current paradigm in biomedical research. Needless to say that the development of Precision Medicine depends critically of the availability of the adequate computational systems able to handle very large quantities of complex heterogeneous information (Big Data) and to reason on them. In this project, we propose to explore the application of Cognitive Computing, to Precision Medicine, with particular emphasis in the application of Deep Learning strategies. This is an essential step given the characteristic lack of large collections of labelled data specific of this area. The development of Unsupervised Learning strategies is considered a key research topic for the development of Cognitive Computing, while Precision Medicine is seen as a particularly adequate environment for its application. To make this ambitious project possible we will take advantage of two of our systems that already in use in the context of the CNIO Precision Medicine initiative. The Rbbt framework provides the cancer genome analysis capacity and the Melanomamine system is used to extract biomedical information on Melanoma from scientific text. These systems will provide organized and processed input data that will tremendously facilitate (and to large degree make possible in time and form) the training of the Cognitive Computing system. Furthermore, these two systems will provide a baseline for the assessment of the results of the Cognitive Computing systems. This project will be developed in the framework of the collaboration between CNIO and IBM, which makes possible the use of the IBM Watson system. This project will be developed in the framework of the collaboration between CNIO and IBM, which makes possible the use of the IBM Watson system.

  • Fecha Inicio: 01/10/2016
  • Fecha Fin: 30/09/2018
  • Presupuesto Otorgado: 90.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación BBVA

Ayudas a Grupos Coordinados estables de Investigación Oncológica de la AECC

  • Titulo: A multifaceted approach to target pancreatic cancer
  • Referencia: GC16173694
  • Investigador Principal: Barbacid Montalbán, Mariano
  • Resumen

    El adenocarcinoma pancreático (PDAC) es la cuarta causa de muerte por cáncer en todo el mundo. Aunque su incidencia no es la más alta, la morbilidad y la elevada tasa de mortalidad hace que sea una de las formas más letales de cáncer, ya que sólo el 7,2 por ciento de los pacientes sobreviven más allá de 5 años después del diagnóstico inicial. De hecho, mientras que para otros tipos de cáncer se ha producido una disminución constante de las tasas de incidencia y mortalidad, en el caso del cáncer de páncreas, los nuevos diagnósticos y las tasas de muertes han aumentado, en promedio, 0,8% y 0,4% anual, respectivamente. Estos datos indican que no estamos ganando la batalla contra esta enfermedad mortal. Una característica del cáncer de páncreas, y al mismo tiempo un hecho de gravedad, es la gran capacidad de este tumor para diseminarse (metástasis) a otros órganos como el hígado, disminuyendo significativamente las posibilidades de curación, incluso utilizando los tratamientos más agresivos. De hecho, en muchos casos, cuando se detecta por primera vez el tumor primario, ya se ha extendido y por ello no pueden ser eliminados. Los pacientes cuya enfermedad se detecta en una etapa temprana, sin embargo, tienen una mejor oportunidad de supervivencia a largo plazo. Además, y por desgracia, la mayoría de los pacientes no muestran signos patológicos evidentes durante las primeras etapas de desarrollo del tumor. Por lo tanto, hay una necesidad urgente de desarrollar nuevos marcadores que puedan detectar el cáncer de páncreas en sus primeras etapas, especialmente en pacientes de alto riesgo, como los que tienen antecedentes familiares de cáncer de páncreas, aquellos que sufren de pancreatitis crónica o aquellos que tienen otros factores de riesgo asociados. El adenocarcinoma de páncreas tampoco se ha beneficiado de los avances de la medicina personalizada dirigida que si han podido aplicarse a otros tipos de tumores. De hecho, el cáncer de páncreas se trata hoy prácticamente de la misma manera que se trataba hace diez o incluso veinte años. La gemcitabina, un fármaco que se incorpora en el ADN de las células cancerosas y ha probado detener el crecimiento de células de cáncer en sistemas experimentales, ha sido el principal agente terapéutico usado durante muchos años en este contexto tumoral. Por desgracia, el tratamiento con gemcitabina solamente aumenta la supervivencia en unas pocas semanas. Más recientemente Grupos de Investigación Clínica en Oncología demostraron la extensión de la supervivencia media de los pacientes PDAC de 6.7 a 8.5 meses mediante la combinación de gemcitabina con Nab-paclitaxel, una nueva formulación del paclitaxel que es un quimioterapéutico clásico. Aunque se considera un gran avance para el tratamiento del cáncer de páncreas ese aumento de supervivencia, la realidad es que los pacientes merecen mejores tratamientos que deriven de investigaciones destinadas a encontrar medicamentos mejores y más eficaces para tratar PDAC. ¿Por qué la comunidad científica no ha logrado avances significativos para tratar el adenocarcinoma de páncreas? Esta falta de progreso contrasta con los avances que han tenido lugar en nuestra comprensión de los acontecimientos básicos que son responsables de esta enfermedad mortal. Por ejemplo, conocemos los cambios histológicos asociados all desarrollo temprano PDAC. También conocemos los eventos moleculares que impulsan el desarrollo inicial del PDAC. De hecho, la utilización de secuenciación masiva de nueva generación, una tecnología desarrollada para secuenciar el genoma humano en el cambio de siglo ha permitido identificar cada mutación en estos tumores y estos estudios han revelado que las células tumorales pancreáticas acumulan de 50 a 80 mutaciones diferentes que afectan al menos doce actividades celulares diferentes, la mayoría de los cuales son esenciales para nuestras células normales. Por lo tanto, la manipulación de ellos sin afectar a las células normales no va a ser una tarea fácil. Además, también hemos caracterizado que estos tumores son extremadamente heterogéneos, y están compuestos de muchas otras células, tales como nuestros propios fibroblastos y macrófagos, que trabajan en conjunto para crear un microambiente tumoral complejo y dinámico. Por último y quizás más relevante, en la última década hemos descubierto que PDAC también contiene una subpoblación de células cancerosas que son extremadamente resistentes a la terapia y que son responsables de la recaída del tumor. Estas células se han denominado células madre del cáncer (CSC), ya que son muy similares a nuestras propias células madre, y como tales están en lo alto de la jerarquía del tumor. Desde una perspectiva clínica, hasta que no seamos capaces de caracterizar específicamente y eliminar estas CSC, hay pocas esperanzas de curar PDAC. Afortunadamente, hace diez años, se hizo posible modelar el PDAC humano en ratones, con bastante grado de homología. Estos modelos recapitulan fielmente la historia natural de los tumores humanos, así como sus eventos mutacionales precisos, incluyendo el desarrollo de su microambiente tumoral característico. De hecho, los patólogos expertos no pueden distinguir entre lesiones tumorales humanas y de roedores. Estos modelos de ratones genéticamente modificados (o gemas) están permitiendo a los científicos entender mejor los mecanismos moleculares implicados en la progresión tumoral y también utilizarlos para desarrollar nuevas estrategias terapéuticas en ensayos preclínicos. Estos modelos también pueden ser utilizados para validar los marcadores moleculares que pueden servir para identificar las primeras etapas de la enfermedad. Estos marcadores pueden tener gran utilidad clínica en los programas de prevención para los pacientes de alto riesgo. Por último, durante los últimos años los científicos han sido capaces de crecer los tumores humanos frescos, incluso PDAC, en ciertas cepas de ratones. Esta tecnología, conocida como xenoinjertos derivados del paciente (PDX), ha abierto la puerta para probar nuevas estrategias terapéuticas en células tumorales humanas que mantienen la mayor parte de sus características primordiales. En algunos casos, estos modelos PDX se han utilizado para probar estrategias terapéuticas, que cuando son positiva, se han aplicado más tarde a los pacientes con resultados beneficiosos similares. Por desgracia, la corta supervivencia de los pacientes PDAC juega en contra de este tipo de estudios en términos prácticos. No obstante, estos modelos PDX representan la estrategia de pre-clínica definitiva antes de trasladar estrategias terapéuticas prometedoras a ensayos clínicos. Huelga decir que el objetivo final de este proyecto coordinado de la AECC es utilizar todos los recientes avances en el conocimiento sobre el desarrollo del adenocarcinoma de páncreas, en herramientas de diagnóstico y en modelos animales para identificar estrategias útiles que beneficien a los pacientes, a nivel de diagnóstico y terapéuticos. El éxito final de esta propuesta se medirá por la identificación de moléculas diana que puedan ser inhibidas farmacológicamente, lo que resultaría en la modulación de las mismas en células tumorales y en células del microambiente tumoral, o de otras moléculas y factores por los que se establece comunicación entre las células cancerosas. También esperamos identificar nuevas dianas moleculares con potencial de diagnóstico o pronóstico. Creemos que el equipo de investigación que llevará a cabo este proyecto incluye algunos de los más prestigiosos grupos de investigación tanto a nivel de investigación pre-clínica (laboratorios Barbacid y Sainz) y clínica (Unidad Médica Carrato), no sólo en España sino también en el mundo. Esta colaboración y enfoque multidisciplinar asegura el resultado exitoso de esta propuesta, incluso teniendo en cuenta las dificultades inherentes a este tipo de tumor.

  • Fecha Inicio: 01/10/2016
  • Fecha Fin: 30/09/2021
  • Presupuesto Otorgado: 550.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Asociación Española Contra el Cáncer

Ayudas a Grupos Coordinados estables de Investigación Oncológica de la AECC

  • Titulo: Cáncer de vejiga invasivo: hacia una medicina de precisión.
  • Referencia: AECC-Coord2014
  • Investigador Principal: Malats, Núria . Real, Francisco X. (coordinator)
  • Resumen

    El cáncer de vejiga puede presentarse en una gran variedad de formas clínicas. En un 65% de los casos se trata de tumores poco agresivos que producen clínica urológica de fácil resolución y requieren de procedimientos poco invasivos y posterior seguimiento médico; el resto, son tumores agresivos que conducen a la muerte de la mitad de los pacientes. Los tratamientos actuales (cirugía,radioterapia y quimioterapia) sólo son parcialmente efectivos y en los últimos 20 años no se han descubierto nuevos fármacos con un impacto importante en el tratamiento de este tumor. Tres cuestiones que requieren de investigación adicional que podría beneficiar a los pacientes son: 1) ¿cómo identificar mejor a los pacientes con cáncer de vejiga que progresarán tras un tratamiento quirúrgico radical?, 2) ¿cómo utilizar mejor los fármacos activos disponibles para el tratamiento de este tumor? y 3) ¿cómo identificar nuevas dianas terapéuticas que mejoren el tratamiento de una forma más personalizada y precisa?
    El objetivo de este proyecto es contribuir a contestar estas preguntas. Para ello, proponemos un equipo investigador multidisciplinario en el que juega un papel fundamental el mayor grupo cooperativo español de oncólogos para el estudio de los tumores urológicos (SOGUG) y 3 grupos de investigación que realizan estudios pioneros sobre los factores genéticos que participan en el desarrollo de los tumores de vejiga, los factores que determinan su progresión y los factores moleculares que permiten predecir la respuesta a los tratamientos actuales. Utilizaremos una estrategia múltiple: confirmaremos la utilidad de marcadores moleculares prometedores que requieren estudios adicionales; descubriremos nuevos marcadores genéticos y moleculares que contribuirán a que el tratamiento de los pacientes sea más preciso y más efectivo. Ello se basará en el estudio individual de cada tumor y el perfil genético individual del paciente. Para generar resultados contrastados de forma rápida y efectiva utilizaremos series retrospectivas pero validaremos todos los resultados en series prospectivas. El conjunto de estudios realizados en los primeros 3 años conducirá al diseño de nuevos ensayos clínicos basados que resultarán en una aplicación inmediata de los mismos dirigida a mejorar los tratamientos para este tumor.

  • Fecha Inicio: 01/09/2014
  • Fecha Fin: 31/12/2019
  • Presupuesto Otorgado: 1.200.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Asociación Española Contra el Cáncer

Ayudas a Grupos Coordinados estables de Investigación Oncológica de la AECC

  • Titulo: Vías de diseminación metastásica en distintos subtipos del melanoma maligno: Nuevos biomarcadores tumorales y dianas terapéuticas.
  • Referencia: GCB15152978SOEN-MS
  • Investigador Principal: González Pisano, David . Peinado, Héctor Soengas, . María S. (coordinator)
  • Resumen

    Esta es una propuesta marcadamente traslacional que pretende identificar biomarcadores de progresión y dianas terapéuticas en el melanoma, que finalmente puedan contribuir a mejorar la vida media de estos pacientes, reduciendo costes multimillonarios para los sistemas de salud. Este planteamiento surge de la necesidad de abordar una de las características claves que definen esta enfermedad como es el hecho de que aparentemente lesiones relativamente finas (2 mm de grosor) conlleven un alto riesgo de diseminación hacia los ganglios linfáticos vecinos (centinela) y en última instancia, a sitios distales. Nos centraremos en la capacidad de las células del melanoma agresivo de remodelar la vasculatura nodal linfática promoviendo así la formación del llamado nicho linfovascular. Este nicho constituye un microambiente protector para el melanoma ya que impide el reconocimiento y ataque de sus células por el sistema inmune. Curiosamente, siendo la extracción quirúrgica de los nódulos linfáticos un estándar en el tratamiento de melanomas gruesos, este procedimiento no mejora de modo consistente la supervivencia de los pacientes. Esto sugiere la existencia de mecanismos alternativos de metástasis que aún son desconocidos y difíciles de elucidar. Por todo esto, se ha diseñado un plan experimental con tres objetivos fundamentales: (i) ¿Cómo contribuyen distintos factores de riesgo (genéticos, quirúrgicos y medioambientales) a distintos subtipos de melanoma? (ii) ¿cómo se establecen las metástasis viscerales?; ¿están los nichos linfovasculares ligados de algún modo a esos sitios distantes? y en ese caso (iii) ¿cómo desactivarlos sin provocar toxicidades secundarias?. Nuestro plan experimental combina modelos murinos únicos para el estudio por imagen no invasiva de la progresión del melanoma con una amplia colección de sueros y biopsias pacientes con y sin tratamiento con compuestos en experimetación o ya aprobados por las agencias internacionales del medicamento. Esperamos contribuir al campo del melanoma con nuevos indicadores del riesgo de metástasis y estableciendo la prueba de concepto para los ensayos clínicos de nuevos compuestos en investigación.

  • Fecha Inicio: 01/07/2015
  • Fecha Fin: 30/06/2020
  • Presupuesto Otorgado: 1.200.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Asociación Española Contra el Cáncer

Ayudas a proyectos de investigación sobre Cáncer Infantil de la AECC

  • Titulo: Cáncer, fallo medular e inmunodeficiencia en niños: un esfuerzo integrado para comprender sus bases moleculares y mejorar su diagnóstico y pronóstico clínico.
  • Referencia: CEI14142070LOPE
  • Investigador Principal: Bénitez Ortiz, Javier
  • Resumen

    Cáncer e inmunodeficiencia coexisten con frecuencia en niños, complicando sobremanera el manejo clínico de ambas patologías, la calidad de vida y el pronóstico a medio y largo plazo. La coincidencia de ambas hace difícil la toma de decisiones terapéuticas y precisa el trabajo coordinado de equipos multidisciplinares que permiten un enfoque complementario por inmunólogos, hemato-oncólogos pediátricos, genetistas, e incluso biólogos moleculares para entender y profundizar en la base molecular de algunos defectos. Este proyecto es un esfuerzo coordinado para, de manera integrada, avanzar en el entendimiento de dos áreas de confluencia de cáncer e inmunodeficiencia en niños abordadas por un mismo equipo de profesionales.
    En una primera línea de trabajo pretendemos desentrañar la base genética de diversas inmunodeficiencias primarias asociadas a defectos en la reparación y mantenimiento del ADN, que cursan con un defecto grave en el desarrollo de los linfocitos T y B o incluso fallo medular, y además con una susceptibilidad muy aumentada al desarrollo de procesos malignos. Tras la identificación de genes causantes, profundizaremos en las consecuencias del defecto genético a nivel molecular y celular para avanzar en la descripción de los procesos que condicionan el fino equilibrio entre diversidad genética, reparación del daño al ADN y supervivencia celular .
    En una segunda línea el proyecto trata de mejorar el pronóstico y superviviencia del trasplante alogénico de progenitores hematopoyéticos en niños en el contexto del tratamiento de inmunodeficiencia primarias y de procesos hematológicos malignos. Este es un proceso terapeútico complejo donde interactuan diversas variables clínicas. Mediante una integración de monitorización clínica, microbiológica, farmacológica e inmunológica trataremos de establecer un protocolo de seguimiento del periodo post traplante inmediato y tardio, con la inclusión de paraámetros inmunológicos de reconstitución, aparición de enfermedad injerto contra huesped, efecto de injerto frente a tumor y control de reactivación de virus oncogénicos que permitan una manejo más individualizado en cada paciente de la terapia inmunomoduladora.

  • Fecha Inicio: 30/12/2016
  • Fecha Fin: 29/12/2016
  • Presupuesto Otorgado: 150.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Asociación Española Contra el Cáncer

Convocatoria Becas SEOM

  • Titulo: Validación de una firma de expresión con utilidad pronóstica en cáncer de próstata resistente a la castración en una cohorte multi-institucional de pacientes tratados con docetaxel.
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Olmos Hidalgo, David
  • Resumen

    La biología del cáncer de próstata resistente a la castración (CPRC) y su evolución clínica son muy heterogéneas, limitando nuestra capacidad para evaluar el pronóstico de estos pacientes. Dos grupos independientes han mostrado recientemente que el análsis de los perfiles de expresión génica en sangre periférica de los pacientes con CPRC tienen utilidad pronóstica.
    Nuestra propuesta es un estudio prospectivo de cohortes tipo explicativo y multicéntrico con el objetivo principal de validar el panel de 9 genes creado por Olmos et al (Lancet Oncology 2012) en una serie de 220 pacientes con CPRC avanzado (M1) que van a recibir tratamiento con docetaxel. Otros objetivos (secundarios) incluyen la exploración de una segunda firma, la descrita por Ross et al (Lancet Oncology 2012), la relación de las firmas con la respuesta al tratamiento y la evolución de ambas firmas tras la exposición a tratamiento. La duración del estudio será de aproximadamente 24 meses, 12 de ellos para completar el reclutamiento y otros 12 meses para obervar los 104 eventos necesarios para observar un incremento de la tasa de riesgo (hazard ratio) de 2,0 en la supervivencia global de los pacientes que expresen la firma, con una error alfa del 0,05 y una potencia estadística del 80%.
    Para la determinación de las firmas se obtendra sangre périferica de todos los pacientes en tubos PAXgene antes de comenzar docetaxel y tras completar tres ciclos. La expresión de los genes de la firma será analizada mediante PCR cuantitativa a tiempo real.

  • Fecha Inicio: 01/12/2013
  • Fecha Fin: 30/12/2016
  • Presupuesto Otorgado: 15.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Sociedad Española de Oncología Médica

Convocatoria de ayudas a proyectos de investigacion de Neurofibromatosis

  • Titulo: Uso de exosomas circulantes como marcadores de progresión en neurofibromatosis y para la determinación de nuevas estrategias terapéuticas.
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Peinado Selgas, Hector
  • Resumen

    Durante la infancia, los neurofibromas plexiformes (pNF) se desarrollan en mas de un 30% de los pacientes con neurofibromatosis-1 (NF1). Durante su progresión, los pNF pueden sufrir una transformación maligna y convertirse en tumores malignos de la vaina nerviosa periférica (TMVNP). Los TMVNP son sarcomas de tejidos blandos altamente agresivos con mal pronóstico, una alta tasa de recurrencia y metástasis en tejidos distales. Aunque en los últimos años se ha avanzado mucho en el conocimiento del papel de microambiente tumoral durante la progresión de NF1, las interacciones del tumor con el estroma que lo rodea aún no se entienden en su totalidad. Recientemente, nuestro grupo ha demostrado el papel de vesículas entre 30 y 100 nanómetros secretadas por el tumor, denominadas exosomas, durante la progresión tumoral y la metástasis. En este proyecto, pretendemos ahondar por primera vez el papel de los exosomas tumorales secretadas en la progresión de la NF1 y la transformación hacia un fenotipo maligno. El análisis de expresión de datos de MPNST demuestra que existe un patrón pro-angiogenico reforzado en los TMVNP. Nuestros datos analizando las proteínas expresadas en exosomas de TMVNP por espectrometría de masas demuestran que existe una firma de proteínas comunes a los TMVNP, dentro de esta firma, endoglina, el factor de crecimiento de plaquetas beta (PDGF?) y su co-receptores Neurophilina-1 y 2 (NRP-1, NRP-2) se mostraron como potenciales candidatos secretados por las células tumorales de TMVNP y potenciales dianas terapeuticas. En base a esto planteamos centrarnos en el análisis del papel de PDGF? y NRP-1 en la progresión de NF1.

    Proponemos un concepto muy novedoso, que los exosomas circulantes en pacientes de NF1 circulantes pueden ser utilizados para predecir la evolución de la enfermedad y desarrollar nuevas terapias para bloquear la progresión de la neurofibromatosis. Específicamente, hemos encontrado que los TMVNP sobreexpresan PDGF? y NRP-1 y podrían ser usado como una nueva potencial terapia para bloquear la transformación maligna junto con otras estrategias que estamos desarrollando en el laboratorio. Postulamos que el incremento de la señalización PDGF?, NRP-1/2 promueven la progresión de la enfermedad reforzando el fenotipo pro-angiogenico de los TMVNP a lo largo de la progresión. Por lo tanto, pretendemos desarrollar nuevos test predictivos de progresión mediante el uso de exosomas circulantes en pacientes de NF y el bloqueo de PDGFR? y Neuropilinas como una nueva terapia para frenar la progresión de la neurofibromatosis.

  • Fecha Inicio: 01/01/2016
  • Fecha Fin: 31/12/2017
  • Presupuesto Otorgado: 60.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación Proyecto Neurofibromatosis

Convocatoria de Premios a Jóvenes Investigadores

  • Titulo: Reprogramación inmune en cáncer de mama preexpuesto a antiangiogénicos inductores de apoxia
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Quintela Fandiño, Miguel Angel
  • Resumen

    Los antiangiogénicos han demostrado incrementos significativos de supervivencia en cáncer renal, hepático, colorrectal o pulmonar. En cáncer de mama, ovario o glioblastoma se ha encontrado de manera consistente un incremento del control tumoral y mejora de los síntomas. En el grupo de cáncer de mama de CNIO llevamos varios años trabajando en el estudio de la resistencia adquirida a antiangiogénicos. En nuestro trabajo hemos logrado distinguir dos patrones de adaptación a antiangiogénicos; uno de ellos cursa con normalización vascular y disminución de la hipoxia, mientras que el otro cursa con anormalidad vascular y respuesta hipóxica. En este caso hemos detectado alteraciones sugestivas de cambios en el infiltrado inmune antitumoral. Hemos estudiado, asimismo, cómo detectar de manera no invasiva en qué pacientes se produce un tipo de respuesta u otra. Como se explica más adelante, hemos observado que en los casos en los que se produce una adaptación de tipo hipóxico, existe un “immunoswitch”; si bien la inmunosupresión tumoral no parece clave en el cáncer de mama hormonopositivo, sí lo es tras la exposición a antiangiogénicos inductores de hipoxia. Hemos demostrado un incremento de la dependencia de linfocitos T-reg y de la expresión de PD-L1 para la progresión tumoral en este contexto y conduciremos un ensayo clínico al efecto. En este nicho, queremos estudiar los potenciales neoantígenos frente a los cuales se está bloqueando la respuesta inmune.

  • Fecha Inicio: 10/10/2016
  • Fecha Fin: 09/10/2017
  • Presupuesto Otorgado: 20.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación AstraZeneca

Convocatoria I de Premios a Jóvenes Investigadores.

  • Titulo: Caracterización molecular y terapeútica del Cáncer de Próstata (CaPr) asociado a mutaciones germinales y somáticas de BRCA1 y BRCA2
  • Referencia: AstraZeneca 15
  • Investigador Principal: Olmos Hidalgo, David
  • Resumen

    Predictive biomarkers for brain metastasis in Small Cell Lung Cancer.

  • Fecha Inicio: 06/11/2015
  • Fecha Fin: 05/11/2016
  • Presupuesto Otorgado: 20.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación AstraZeneca

Convocatoria IX Beca Fero 2015

  • Titulo: Predictive biomarkers for brain metastasis in Small Cell Lung Cancer.
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Valiente Cortes, Manuel
  • Resumen

    Small Cell Lung Cancer (SCLC) patients that respond to first line therapy are prone to relapse with brain metastasis. Due to this consistent clinical presentation, the standard-of care incorporated the use of preventive whole brain radiotherapy (WBRT). This highly aggressive therapeutic approach, which generates neurocognitive deficits, many of them irreversible, in more than 60% of patients treated is the consequence of poor drug discovery and unknown biology behind the specific tropism of SCLC to the brain. Besides the unmet therapeutic needs of SCLC there is an urgent call to develop molecular tools to improve patient stratification. Given the important side effects of current therapies, it is critical to develop biomarkers to differentiate between patients at low versus high risk of brain relapse. We aim to use an improved version of a well-established model of SCLC as well as human samples in order to define biomarkers at the primary tumor that allow predicting risk in mice and human to relapse in the brain and that could be applied to liquid biopsies. Our proposal aims to develop novel tools that could be incorporated into the clinic to improve the diagnosis of SCLC patients, specifically to avoid unnecessary preventive WBRT.

  • Fecha Inicio: 01/12/2015
  • Fecha Fin: 30/11/2017
  • Presupuesto Otorgado: 70.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación de Investigación Oncológica Fero

INNOVATIVE MEDICINES INITIATIVE JOINT UNDERTAKING (IMI JU)

  • Titulo: Open PHACTS: The Open Pharmacological Concepts Triple Store
  • Referencia: 115191-2
  • Investigador Principal: Valencia Herrera, Alfonso
  • Resumen

    Drug discovery is data-hungry and all major pharmaceutical companies maintain extensive in-house instances of public data alongside internal. Analysis and hypothesis generation for drug-discovery projects requires assembly, overlay and comparison of data from many sources, requiring shared identifiers and common semantics. Expression profiles need to be overlaid with gene or pathway identifiers and reports on compound pharmacology. Alignment and integration of internal and public data and information sources is a significant effort and the process is repeated across companies, institutes and academic laboratories. This represents a significant waste and an opportunity cost. To address these challenges, the OpenPHACTS project will develop open access innovation platform, Open Pharmacological Space (OPS), via a semantic web approach. OPS will comprise data, vocabularies and infrastructure needed to accelerate drug-oriented research. This semantic integration hub will remove key bottlenecks in small molecule drug discovery: disparate information sources, lack of standards and common identifiers, guided by well defined research questions from drug discovery. Workflows for data capture, processing, interoperability, visualization, and chemogenomics will be developed creating a comprehensive Systems Chemical Biology Analysis Network. Security issues around proprietary data, shared via the nanopublication system and accessible for safe querying and reasoning will be properly addressed with expert trusted parties. The OpenPHACTS consortium comprises 14 European academic and SME partners, with leading experts in the fields of data mining, annotation, small molecule data storage and manipulation, target bioinformatics, RDF information handling, massive in silico reasoning and chemical biology. The 8 EFPIA members of OpenPHACTS will contribute drug discovery expertise, data sets, software engineering and programming capacity to the project.

  • Fecha Inicio: 01/03/2011
  • Fecha Fin: 29/02/2016
  • Presupuesto Otorgado: 9.988.867,00 €
  • Fuente de Financiación: 7 FRAMEWORK PROGRAMME ( 2007-2013 )

INTEGRATED PROJECT (IP)

  • Titulo: ASSET: Analysing and Striking the Sensitivities of Embryonal Tumours
  • Referencia: 259348
  • Investigador Principal: Valencia Herrera, Alfonso
  • Resumen

    Cancer is hallmarked by multiple genetic aberrations that lead to a functional derangement of cellular signalling networks. Embryonal tumours (ETs) comprising neuroblastoma, medulloblastoma and Ewing sarcoma, occur early in life, and thus may reveal pathogenetically relevant lesions clearer than adulthood tumours which carry passenger mutations accumulated during life. ASSET will exploit this fact by focussing on unravelling the signalling networks and their alterations in ETs. The basic hypothesis is that ETs share common pathogenetic principles that can be captured and made accessible to rational analysis by combining high-throughput and high content analysis of the genome, transcriptome and proteome with mathematical modelling. ASSET builds on a previous FP6 consortium, the European Embryonal Tumour Pipeline (EEPT), which generated high-throughput genomic and transcriptomic data on ETs. ASSET is the next logical step to add crucial functional information that will allow us to generate (i) defined in vitro and in vivo tumour systems; (ii) combined analysis of genomic mutations, transcriptome, miRNA expression and dynamic proteome changes; (iii) systematic perturbations; (iv) mathematical modelling to elucidate pathogenetic networks and their emergent behaviour; (v) the virtuous cycle of model validation in relevant biological model systems and clinical samples towards a major goal. This goal is to identify mechanistically understood network vulnerabilities that can be exploited for new approaches to the diagnosis and treatment of major paediatric tumours. Elucidating such core mechanisms will (i) improve understanding of and therapeutic options for these devastating childhood malignancies and (ii) enable a rational approach to deal with the complexity of the pathogenesis of adulthood cancers.

  • Fecha Inicio: 01/11/2010
  • Fecha Fin: 30/04/2016
  • Presupuesto Otorgado: 11.999.156,20 €
  • Fuente de Financiación: 7 FRAMEWORK PROGRAMME ( 2007-2013 )

Premios Contantes y Vitales de ATRESMEDIA

  • Titulo: Premio en la categoría de "Líder de Grupo emergente" 2015
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Fernández-Capetillo, Oscar
  • Resumen

    Este Premio se otorga como reconocimiento a la trayectoria científica, en especial la capacidad demostrada para alcanzar objetivos científicamente relevantes, originales y de carácter innovador, así como la creatividad y capacidad para formular soluciones científico-técnicas a problemas biomédicos . Se valora así mismo la calidad, multidisciplinariedad, transdiciplinariedad y la aplicabilidad en los pacientes, así como la colaboración con investigadores de otros ámbitos y de otros países. Óscar Fernández-Capetillo es jefe de grupo inestabilidad genómica del CNIO desde 2005, dónde fue reclutado tras regresar su estancia postdoctoral en los Institutos Nacionales del Cáncer de EEUU. Sus investigaciones se centran en los mecanismos de reparación del ADN, claves tanto en el desarrollo cómo en el tratamiento del cáncer. A pesar de su juventud, sus investigaciones han derivado en 79 publicaciones que han sido citadas más de 10.000 veces (índice h:41; Google Scholar); una gran parte de las mismas habiendo sido publicadas en revistas del máximo nivel. Además de las publicaciones, que lo han situado en un referente internacional de la investigación oncológica, el grupo consiguió desarrollar un nuevo fármaco antitumoral que fue licenciado a la farmacéutica alemana Merck, constituyendo un hito por el valor de la misma (Premio del Diario Farmacéutico a la mejor licencia del año 2013). En la actualidad, Oscar sigue colaborando activamente con Merck para llevar estos compuestos a la clínica, lo que se espera consigan finalmente en 2016.

  • Fecha Inicio: 27/10/2016
  • Fecha Fin: 26/10/2017
  • Presupuesto Otorgado: 100.000,00 €
  • Fuente de Financiación: A3Media Corporación e Medios de Comunicación S.A.

Programa de becas postdoctorales año 2015

  • Titulo: Understanding the role of growth factors and nutrients in inflammatory bowl disease and colon cancer
  • Referencia:
  • Investigador Principal: Djouder, Nabil
  • Resumen

    Malnutrition has been cited by the World Health Organization (WHO, 2012) as the greatest single threat to the world's public health: inadequate amounts and/or diversity of food represent the most important risk factor for illness and death. Inflammatory Bowel Disease
    (IBD), a group of inflammatory conditions of colon and small intestine, in which the major types are Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC) represents one of the most important risk factors for colorectal/colon cancer (CC). IBD develops under conditions of malnutrition prevalent in the Western world countries. Nutrients excess-associated obesity and/or diabetes play a crucial role.
    Human colon is a very dynamic organ regulated by a strict balance between cell bproliferation, differentiation, and death maintaining the organ in healthy conditions. Nutrients overload through variations in hormonal levels such as insulin or insulin-like growth factor (IGF) affect this balance and can ultimately contribute to CC formation. While, prominent genetic predispositions have been clearly defined by different genetic studies, 75-95% of CC occurs among patients no genetic risk factors but associated to improper diet/lifestyle. However, the mechanistic link between nutrients, inflammation and CC is largely unknown.
    Cells have a complex internal system of proteins organized into pathways in which the first activates the second and activates the third, and so on, passing the activation signal down the pathway, controlling everything they do. These pathways are very complex with many
    crosstalks and branches. Several of these signalling circuits can become significantly altered in cancer cells.
    Among cellular pathways activated by nutrients, IGF and inflammation, “mTOR” pathway has been described to be deregulated in IBD and CC and linked to low survival rates for patients with CC, placing “mTOR” pathway as a possible target for the IBD and CC treatment. However the link between nutrients and mTOR activation is not yet fully understood.
    We have recently identified MCRS1, the missing molecular link between nutrients and
    mTOR activation. In human CC, MCRS1 is present at high levels. This prevents the cells from dying, resulting in aggressive cancer and is therefore associated with lower patient’s survival rates. Interestingly, data from our lab also suggest that MCRS1 is present at high level in human IBD (CD and UC).
    To mimic alterations observed in human CC, we generated MCRS1 mouse models.
    Interestingly, in a mouse that lack MCRS1 and mTOR activation displayed high intestinal inflammation and is proned to CC development. In fact, malnutrition with low nutrients intake occurs in UC, although it tends to be less severe than with CD. Patients with UC and predisposed to CC have reduced appetite and weight loss. This decrease in nutrients consumption may inhibit MCRS1/mTORC1 axis and provide a critical initiating event in CC.
    In other words, decrease mTOR signalling (mimicked by MCRS1 deletion) during colitis may put the organ at a high risk of developing CC. Therefore, with the use of MCRS1 mouse models, we want to better understand the role of nurtients in IBD and CC development. This study will help to identify new biomarkers to personalize CC treatment.

  • Fecha Inicio: 01/01/2016
  • Fecha Fin: 31/12/2017
  • Presupuesto Otorgado: 60.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación Olga Torres

Proyectos de investigación sobre Cáncer

  • Titulo: Explorando interacciones sintéticas letales entre PARP y respuesta a daño en el ADN en tratamientos contra el cáncer.
  • Referencia: 20134130/31
  • Investigador Principal: Fernández-Capetillo, Oscar
  • Resumen

    In this project we proposed to study the molecular and functional interplay between PARylation (mediated by PARP-1 and PARP-2) and phosphorylation (mediated by ATM and ATR kinases) in the response to DNA breaks, and investigate the relevance of such coordination in the context of genomic instability and cancer. The ultimate goal of this project is to obtain valuable information that might aid in the development of new strategies or combination therapies to treat cancer patients. To achieve this general aim, we proposed the following specific objectives: 1. To explore the impact of PARylation in the context of replication stress in vitro. Interaction with the ATR/CHK1 signalling pathway. 2. To investigate the interactions between PARP-2 and the DDR kinases in vivo. Generation and characterization of mouse models with a deficiency of PARP-2 in hematopoietic cells in either an ATM or ATR-deficient background. 3. To investigate the interaction between PARP-1 and PARP-2 in vivo. Generation and characterization of a mouse model with a deficiency of PARP-2 in hematopoietic cells in a PARP-1-deficient background. 4. Contribution of p53-dependent cytostatic responses to the genomic instability driven by lack of either PARP-1 or PARP-2. Characterization of mouse models deficient on either PARP-1 or PARP-2 and p21cip1, the main p53-target involved in G1-arrest.

  • Fecha Inicio: 16/04/2014
  • Fecha Fin: 15/04/2017
  • Presupuesto Otorgado: 299.125,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación La Marató de TV3. Presupuesto global del proyecto

Proyectos de investigación sobre Cáncer

  • Titulo: Análisis molecular de Capicua, un nuevo supresor tumoral involucrado en señalización RTK y represión transcripcional.
  • Referencia: 20131730/31
  • Investigador Principal: Barbacid Montalbán, Mariano
  • Resumen

    In this project, the following objectives are proposed: - Identification of Cic protein co-factors This part of the project is aimed at identifying novel Cic protein interactors in mammalian cells. Potential Cic interactors will be identified by mass spectrometry after pull-down of a tagged Cic cDNA. Candidates will further be validated using co-IP, reporter assays and genetic validation in Drosophila. - Role of the conserved C1 motif To assess the role of the conserved C1 motif, we will employ a proteomic screen to identify potential differences in interactors binding to Cic lacking the C1 motif versus full-length Cic in mammalian cells. - Mechanisms of Cic regulation in mammalian cells In Drosophila, Cic regulation by the Ras/MAPK pathway has been studied in great detail. Since knowledge about Cic regulation in mammalian cells is very limited, we plan to perform a similar proteomic screen as indicated above (see 3.1.2), but this time comparing differentially bound Cic interactors in presence vs. absence of Ras/MAPK signaling. Furthermore, we will employ this pull-down strategy to assess differential Cic binding to target promoters by ChIP-seq. - Cic in embryonic development In contrast to Drosophila, where ample evidence for multiple functions of Cic during development exists, the analysis of the role of Cic during mammalian development is still elusive. Thus we are aiming at developing and characterizing a knock-out mouse strain lacking both Cic isoforms. - Cic in tumor development Cic has been found mutated in a variety of human cancers with highest frequencies occurring in oligodendroglioma. In this objective we plan to characterize the role of Cic as a potential tumor suppressor. We will validate the effect of characteristic Cic mutations on transcriptional repression or DNA binding in vitro. Then we will characterize its tumor suppressive properties in mice by eliminating Cic conditionally from adult mice and we will specifically verify the role of Cic in oligodendroglioma development (alone and in cooperation with other genetic events). We also aim at eliminating Cic from all tissues in adult mice to assess its potential role as a tumor suppressor in other tissues.

  • Fecha Inicio: 08/05/2014
  • Fecha Fin: 08/05/2017
  • Presupuesto Otorgado: 279.375,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación La Marató de TV3. Presupuesto global del proyecto

Proyectos de investigación sobre Cáncer

  • Titulo: Rol de las proteínas de unión a ARN en la progresión del melanoma: búsqueda de nuevos marcadores diagnósticos y dianas terapéuticas.
  • Referencia: 20131430/31
  • Investigador Principal: Soengas, Maria Soledad
  • Resumen

    Metastatic melanoma remains a paradigm of treatment-resistant human cancers. However, if detected early, surgical resection can save lives of affected patients. Unfortunately, despite great progress in imaging tools, the distinction of benign melanocytic lesions (nevi) from malignant melanomas is still largely defined by histopatological criteria. The field lacks predictive molecular biomarkers, and misdiagnosis of melanocytic lesions are one of the most common causes of lawsuits in oncology. Similarly, there is also a need for alternative targets for drug development. Thus, durable therapeutic responses with currently approved compounds are limited to a small subset of metastatic melanoma patients. As melanomas undergo large changes in mRNA expression, we performed a screening for RNA-binding proteins (RBPs) that could represent novel diagnostic indicators and therapeutic targets. We identified some of such RBPs, and here we will validate their physiological relevance. We further propose to perform the first comprehensive analysis of the “RNA interactome”, for a global haracterization of RBP alterations during melanoma progression. Methodology: Here we will combine state of the art genomics techniques (iCLIP, RNA-Seq and ribosome profiling), functional studies of RBP proteins and expression studies in clinical biopsies. These analyses will also be performed in the context of unique genetically engineered mouse models that allow for non-invasive imaging of melanoma progression. Expected results: We expect to identify specific RBP-RNA interactions important for the progression of melanoma, and to define a group of RBPs with potential to predict clinical behavior. These findings may provide new drugable targets to fight against melanoma.

  • Fecha Inicio: 26/06/2014
  • Fecha Fin: 25/06/2017
  • Presupuesto Otorgado: 300.000,00 €
  • Fuente de Financiación: Fundación La Marató de TV3. Presupuesto global del proyecto