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Información Adiciona

Para contacto o información:

Secuencias fallidas

  • Los procedimientos empleados se han diseñado para minimizar la variabilidad y la frecuencia de secuencias fallidas.
  • No obstante pueden darse fallos debidos a las causas siguientes: a) características de las muestras (molde y/o iniciadores), b) información insuficiente por parte del usuario, y c) error operativo (funcionamiento interno del servicio).
  • Las secuencias fallidas se facturan cuando se estima que las causas sean de los tipos a o b anteriores. Las del tipo c se repiten (véase " Repeticiones" más abajo).

Causas de error

Las causas de error más habituales que se asocian al material de partida son las siguientes:

  • La cepa bacteriana donde se propaga el molde –en vector de clonación- puede afectar a su calidad. Se obtienen resultados fiables con DH1, DH5alpha, DH10B o XL1-blue; MV1190 y HB101 se asocian con resultados variables, y JM101 no es recomendable.
  • Cantidad insuficiente de DNA molde. Las cuantificaciones por electroforesis de muestras sobrecargadas no son precisas. Una cuantificación fiable requiere limitar la carga de DNA a 10-50 ng/pocillo, para lo que puede ser necesario emplear diluciones, y comparación con marcadores de masa conocida separados en el mismo gel.
  • Calidad o purificación insuficiente del molde. Aunque para su preparación se hayan usado kits comerciales pueden permanecer impurezas que interfieran con la secuenciación.
  • Para productos de PCR las impurezas más habituales son los fragmentos artefactuales (ej. primer dimers) que copurifican con el molde y que contienen sitios de unión para los iniciadores de secuenciación.
  • Problemas diversos con el iniciador específico de inserto: la muestra contiene distintos sitios de unión, no se une al molde, cantidad insuficiente (verificar concentración de la disolución de trabajo por espectrofotometría), diseño subóptimo. Es importante que el valor de Tm haya sido calculado con la fórmula descrita en "Iniciadores de secuenciación".

Repeticiones

  • Las muestras fallidas se repetirán por propia iniciativa sólo cuando se considere probable que se trate de un error operativo. Si la repetición vuelve a fallar se asumirá que no se debía a errores operativos.
  • Las reacciones fallidas no se repetirán y serán facturadas al precio normal cuando se considere que el fallo pueda deberse al material proporcionado por el usuario o a una información insuficiente.
  • Las muestras fallidas también se podrán repetir a demanda del usuario.

Comunicación de anomalías

  • Se invita a que los usuarios comuniquen cualquier observación sobre anomalías o incidencias (datos de contacto en la página principal).